Az ammónia a vízben- és a talajban- nagyobbrészt szerves anyag biológiai lebomlására útján keletkezik, kisebb részben természetes redukciós (nitrátredukció) folyamatok útján is kialakulhat. Az ammónia a vízben proton felvételre és leadásra is képes, az ammónia és ionjának koncentrációjának a viszonya a víz kémhatásának a függvénye. A szabad ammónia erős sejtméreg. A víz pH-értékének és hőmérsékletének növekedésével megnő a vízben a szabad ammónia koncentrációja. A vizek ammóniun tartalmát a szennyvizek bejutása is növeli.